Brésil, Manaus : malgré le taux d’infection de près de 76% dans la région qui devrait conduire à l’immunité collective, les hospitalisations on connu une forte hausse au cours du mois de janvier.

Brésil, Manaus. L’immunité collective qui devrait être atteinte dans cette région très fortement touchée pendant la première vague n’a pas empêchée une forte résurgence au mois de janvier. Publiée en octobre 2020 dans la revue Science, une étude conduite auprès des donneurs de sang indiquait un taux particulièrement élevé de contagion avec plus des trois quarts (76 %) des habitants de la plus grande ville de la région amazonienne possédant des anticorps. Le taux d’immunité collective à Manaus devait théoriquement atteindre les 67 %. Or le nombre des hospitalisations a augmenté brutalement au cours du mois du janvier. Quatre hypothèses, non mutuellement exclusives, se dégagent. La première explication tiendrait au fait que la présence des anti-corps a été surévaluée. Mais cette première hypothèse peut être a priori exclue car d’autres données penchent pour une sous-évaluation beaucoup plus probable. La seconde hypothèse serait que l’immunité collective aurait déjà largement décliné mais une nouvelle étude indique qu’une réinfection survient rarement dans les six mois suivants une première infection. Malgré tout, cette baisse de l’immunité acquise n’explique sans doute pas à elle seule la flambée épidémique actuellement observée à Manaus. La troisième hypothèse serait que les lignées virales circulant localement pourraient échapper au système immunitaire des personnes antérieurement infectées. Deux lignages majoritaires ont été détectés à Manaus à la mi-janvier : B.1.1.7 (initialement identifié au Royaume-Uni) et P.1. qui est porteur d’une signature génétique très particulière. Il renferme notamment la mutation N501Y (comme le variant identifié en Angleterre et en Afrique du Sud) et la mutation E484K (comme le variant « sud-africain »). Par ailleurs, un autre variant récemment appelé P2 circule aussi au Brésil et notamment à Manaus, qui renferme également la mutation E484K. cette mutation semble être associée à un échappement immunitaire, à savoir à une moindre capacité de neutralisation par les anticorps lors de l’infection naturelle ou celle induite par la vaccination. Elle a été observée dans des isolats viraux échappant à l’activité neutralisante du sérum de patients Covid-19 convalescents. Dans certains cas, le pouvoir neutralisant des anticorps était réduit de plus de dix fois. Enfin, la quatrième hypothèse évoquée pour tenter d’expliquer la situation sanitaire très difficile à Manaus est sous-tendue par une plus forte contagiosité des lignages aujourd’hui en circulation en comparaison avec les souches qui circulaient antérieurement.

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